到了隋唐以后，寺作为官署的名字用的越来越少，逐渐成为佛教场所的专用名词。

自唐中叶至五代，禅宗大盛。至宋代，教寺多改为禅寺。

禅宗称寺院为丛林、禅林、禅阁等。即集合众僧使之规律、和合而修道，如林之齐整，便以‘林’作比喻。

丛林之中，若师家依法系传法予弟子而任住持者，为子孙丛林。若广招天下大德高僧为住持，而不由徒弟继承之寺院，称为十方丛林，或十方刹。

按照寺的设立者不同，还可划分为官寺和私寺。若由住寺者区别，则有僧寺、尼寺之分。因初时之寺院多建于山中，故山名与寺名并称，后对平地所造之寺院，亦附以山号，成为寺院之别称。另有以年号称寺名者，如北魏宣武帝景明四年（503）之景明寺，正始四年（507）之正始寺，及唐玄宗时之开元寺。

关于寺院之主从关系，如承传祖师法之根本寺院，称为本寺、本山。其属下之寺院，则称末寺、末山。在大寺院境内，附属于该寺院之小寺，称为子院、支院、枝院、寺中、寺内、塔头。

至于寺院之住职，称住持、院主。